Que bien sé yo la fonte que mana y corré, aúnque es de noche. Aquella eterna fonte está ascondida, que bien sé yo dó tiene su manida. Su origen no lo sé, pues no lo tiene, más sé que todo origen de ella viene aunque es de noche.
(San Juan de la Cruz).
Según los restos arqueológicos encontrados en nuestro suelo, comprobamos cómo Deifontes fue habitado desde las primeras épocas prehistóricas, pues se hallan tanto útiles del Paleolítico como del Neolítico, y aunque no existe un yacimiento definido, se encuentran manifestaciones cerámicas de distintas civilizaciones, así como construcciones romanas y árabes. Todo ello podemos decir que se encuentra enclavado actualmente en el barrio de las Islas Canarias, por lo que podemos deducir que el núcleo de población se encontraba situado al este.
En este lugar han aparecido tumbas y restos árabes y romanos, y restos del neolítico
de entre 3000 y 4000 años de antigüedad, los cuales se encuentran actualmente en el museo arqueológico de Granada capital.
En La llamada «Venta del Nacimiento» existen restos de construcciones romanas, que son unas columnas de piedra, donde se cree que existió un templo dedicado al Dios de las aguas.
Según consta, la referencia más antigua sobre Deifontes es de 1.038, donde se desarrolla una guerra entre el rey de Almería, Zuhayr y el rey zirí de Granada, Badis. La localidad contaba con un notable militar y poeta llamado Samuel Ibn Negrella que compuso un bello poema en hebreo sobre esta batalla en el puente de Alfunt, con motivo de la batalla de Deifontes alabando a Dios por la victoria el 3 de agosto de 1038: «Mas Dios, para su caída, tenía preparado desde antiguo en la ciudad del manantial una fosa excavada». La clara alusión latina a la «fuente» cuya correspondencia es el conocido «Nacimiento» de agua, se puede decir que es único en esta zona. Esto nos hace pensar que debió existir, como se apunta anteriormente, una población autóctona mucho anterior a la invasión musulmana.
Durante la época musulmana, Deifontes perteneció al reino de Granada y se vio envuelta en cantidad de tropelías y escaramuzas al estar situada en la zona fronteriza entre los dos reinos. Así tenemos numerosas citas de estos sucesos y en concreto del Condestable D. Miguel Lucas de Iranzo.
Deifontes, alquería de Iznalloz, sería conquistada en 1.485. Tras la total reconquista del reino de Granada, en Deifontes viven los moriscos hasta 1.570 en que fueron expulsados, haciéndose una repoblación de ésta y otras tierras mayores que la anterior. Después de que los Reyes Católicos cedieran algunas tierras a particulares, estas tierras se venden a distintas personas y son compradas después por la familia Laguna. Creado el Sacromonte en 1.609, las adquiere en 1.612, permaneciendo bajo su propiedad hasta la desamortización de Madoz en 1.855, y son adquiridas por la Condesa de Antillón a quien Hereda su hija, Marquesa de Casablanca, y a ésta su sobrino el Marqués de Albaida, hasta que en 1.944 los vecinos de Deifontes compran las casas que habitaban y las tierras que labraban, pasando a ser definitivamente sus propietarios.